Tο Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου συγκεντρώνει αρχαιότητες από την Ανατολική Κρήτη που χρονολογούνται από τη νεολιθική έως και τη ρωμαϊκή περίοδο. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν τα κτερίσματα από το πρωτομινωικό νεκροταφείο της Αγίας Φωτιάς (3000-2300 π.Χ.) και τα ευρήματα από το μινωικό ανάκτορο των Μαλίων. Η μόνιμη έκθεση του μουσείου παραμένει κλειστή λόγω εργασιών αναδιοργάνωσής της οι οποίες αναμένεται να ολοκληρωθούν το 2023.